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在計算機機房的配置上若達到以上的建議概念，但還需要考慮到計算機機房內的氣流循環與問題，機房的冷熱氣流混合愈嚴重則顯示空調的能源損耗愈 大，即整體計 算機機房之能源使用效率愈低，而要改善計算機機房冷熱空氣的混合狀況，首要工作必須建置冷熱通道，將冷空氣與熱空氣在機房內的活動路徑盡可能的分離，或減 低混合的路徑長度;以面對背機柜排列方式而言，當冷空氣由第一組機柜前端進入且由機柜后方排出時，已經進行第一次熱交換，排出的空氣溫度已較地板出風口的 冷空氣高很多，此時卻與周圍較低溫空氣混合后進入下一個計算機機柜，因此第二組計算機機柜的入風口溫度較原來冷空氣溫度高，導致散熱效果也較差。
以此類推，位于最后一排的計算機機柜散熱狀況最為不良，為預防最后一組計算機機柜因機組過熱而跳機，故機房管理者只能再降低空調系統的出風溫 度，依綠色生產力基會空調系統管理與節能手冊可知:調降冰水出水溫度1℃必須額外消耗壓縮機耗電1.5~3%，意謂空調混風問題可能同時造成空氣側與冰水 側雙方面 的能源損耗，早期最常見的排列方式為機房的管理者沒有機房冷熱通道隔離的觀念下而要求美觀所以每排機柜接面向門外，殊不知這是造成空調效能差及機房耗電 的主要元兇;若將計算機機柜的排列方式改變為面對面排列，使冷空氣與熱空氣有各自的行進路徑，冷空氣可直接進入計算機機柜內進行熱交換，而前后排機柜也較 不會產生散熱不均的問題。
若計算機機房內使用的空調系統為高架地板形式的空調箱或箱型冷氣機，冷空氣由地板下送往高架地板出風板進入冷信 道，熱信道上方無天花板回風通道，而是使用自然對流方式讓室內熱空氣回到空調箱的回風口，此種情況需特別注意其排放的位置，一般認為應該將箱型機置放于冷 通道前后方，使其供應之冷空氣可以最接近冷通道出口，雖然冷空氣移動至機柜的距離縮短，但熱空氣回風的路徑可能出現另一種與預期中截然不同的現象，試想將 箱型機設置于冷通道兩端或是水平于機柜排列的兩邊，熱空氣必須由熱信道跨越冷信道才可回到箱型機的回風口，在接近箱型機的區域形成嚴重的冷熱氣流混合情 形，解決方案可將箱型機排放于熱通道兩端才是最佳的位置，使熱回風直接由熱通道快速進入箱型機內，以減少冷熱空氣混合的機率;此外，若機房的 架構并非高架地板型式，則應將箱型機排放于冷通道兩側，使其冷空氣直接吹入冷通道，形成保齡球道效應(bowlingalley)。
一般計算機機柜背部為熱空氣排出口，通常是整個計算機機房內溫度最高的地方，因此特別容易被注意，有些機房管理者就在那些地方增加地板出風口， 希望可以直接將 熱量帶走，如此一來非但無法達到最佳的機柜內部散熱效果，反而會因混風情形而加倍消耗能源與降低空調系統的冷卻效率，正確做法應是僅在冷通道內擺放出風口 高架地板，且盡可能地靠近計算機機柜前端吸入口，熱通道不宜放置任何具有孔洞的高架地板，確實將熱通道的熱空氣與地板下的冷空氣完全隔開，若有天花板回風 高架地板的設置，應將其擺放于熱信道內，冷信道不宜放置任何回風高架地板，用意除了防止冷熱空氣的混合作用之外，亦避免冷空氣短循環的情形;在高架地板下 方的線路也需要規劃與整理，過多的雜亂的線路會造成冷空氣移動滯礙難行，某些地板出風口可能因此得不到足夠的冷空氣量，而雜屑與灰塵會阻塞出風板孔，對 IT設備引發損害，這也是現今一些機房常見的問題。
機柜柜與柜之間網絡線路沒經過規畫預留或是沒有規畫線路該走的線架，年久線路就會因為設備的增加則越積 越多越亂，所以機房內網絡線路的規畫也是機房建置前的規劃其中一項很重要的項目;若計算機機房內有已停用或待整修的計算機機柜，先將其前端地板出風高架地 板封閉或置換為無孔洞高架地板，盡量隨時排除未有使用的地板出風口，將其擺放至較高發熱機柜的吸入端，有效利用既有的冷空氣量，亦可避免冷熱氣流混合機 率;為防止計算機機房內出現地板出風型式之空調系統無法降低的局部熱點，應將高發熱機柜分散錯開置放，使每一區域的平均發熱情形接近平衡，以利空調降溫時 可達計算機機柜的散熱需求。
一般計算機機柜內部空間并不會完全放滿設備，因此會留有些許的空間，若忽視這些夾縫空間的存在，則無形之間產 生許多的能源消耗而不自知;當冷空氣由機柜前端被吸入IT設備內進行熱交換，冷空氣升溫變成熱空氣，由機柜后端準備排出，此時，熱空氣受到前方吸入端的牽 引，一部分熱空氣由機柜內的閑置空間拉回到前端再次被吸入IT設備內，形成機柜內部熱空氣的短循環，而回流的熱空氣與前端預備進入機柜的冷空氣混合，產生 了要避免的混風問題，其改善方向為:在無設備柜位前端加裝機柜盲蓋板(可阻隔氣流)即可得到改善，作用在于使空氣經過機柜的唯一通道只剩下IT設備本體， 排出之熱空氣不會受到機柜前端的吸引，縱然熱空氣由機柜閑置空間回流也因有機柜盲蓋板的隔離而無法回到機柜前端，如此一來，熱空氣短循環或機柜內部混風問 題即迎刃而解。